Wprawdzie na zdjęciach motocykl jest oznaczony jako YZF-R25, ale jak wiadomo, na niektórych rynkach pojemność R3 była ze względów homologacyjnych zmniejszana – w praktyce YZF-R25 i YZF-R3 są bliźniaczymi konstrukcjami.
W nowym wcieleniu R3 najbardziej zmiany najbardziej rzucające się w oczy to obszerniejsze i bardziej muskularne owiewki, przestylizowane reflektory najprawdopodobniej wykonane w technologii LED, wlot pomiędzy nimi, przypominający YZF-R6 i YZF-R1 – czy to oznacza, że R3 będzie wyposażona w system dynamicznego doładowania? Na razie można o tym co najwyżej spekulować.
Ponadto zmieniono kształt tłumika a także, wzorem większych sióstr Yamaha otrzymała widelec upside-down w przednim zawieszeniu.