Historia CBR650R rozpoczęła się w 1998r. Wówczas zaprezentowano Hondę Hornet, której mechanika bazowała na topowym Supersporcie producenta, CBR600F3. Mimo, że rozwój CBR600 poszedł w kierunku F4, potem w 600F4i oraz F4i Sport a następnie 600RR bezpośrednim przodkiem CBR650R jest Hornet a właściwie stara, poczciwa F3.