BMW R NineT Scrambler jest wyposażony w klasyczny silnik typu bokser, chłodzony powietrzem i olejem o pojemności 1170 ccm. Generuje on moc 110 KM przy 7750 obr./min., rozwija maksymalny moment obrotowy 116 Nm przy 6000 obr./min. Ta jednostka spełnia wymagania normy czystości spalin EU4. Układ wydechowy z uniesionymi tłumikami zapewnia odpowiednie wrażenia dźwiękowe, a jednocześnie spełnia najnowsze europejskie normy ograniczenia hałasu.
Konstrukcja ramy pozwala na szeroki zakres modyfikacji wyglądu motocykla według upodobań właściciela – kustomizacja stała się ostatnio bardzo modna, więc producenci wychodzą naprzeciwko oczekiwaniom klientów. W BMW R NineT Scramblerze można np. zdemontować fragment ramy podtrzymujący siedzenie pasażera i zrobić z niego pojazd jednoosobowy. BMW zapowiada zresztą bogaty zestaw firmowych akcesoriów umożliwiających indywidualne przeróbki.
Zwieszenie przednie to tradycyjny widelec teleskopowy o skoku 125 mm. Pojedynczy wahacz z tyłu opiera się na zawieszeniu Paralever, podobnie jak w innych motocyklach BMW z silnikami typu bokser.
Układ hamulcowy z ABS w standardzie tworzą dwie tarcze o średnicy 320 mm współpracujące z 4-tłoczkowymi zaciskami na przedzie oraz jedna tarcza 265-milimetrowa z dwutłoczkowym zaciskiem pływającym z tyłu. Zastosowano przewody hamulcowe w stalowym oplocie.
Dużo uwagi poświęcono ergonomii. Jazda R NineT Scramblerem w wyprostowanej pozycji ma być relaksująca i przyjemna.